脫硫廢水成分復雜，對設備管道和水體結構都有一定的影響，其危害主要體現(xiàn)在以下方面：
(1) 脫硫廢水中的高濃度懸浮物嚴重影響水的濁度，并且在設備及管道中易產(chǎn)生結垢現(xiàn)象，影響脫硫裝置的運行。
(2) 脫硫廢水呈弱酸性，重金屬污染物在其中都有較好的溶解性，雖然它們的含量較少，但直接排放對水生生物具有一定毒害作用，并通過食物鏈傳遞到較高營養(yǎng)階層的生物。
(3) 脫硫廢水中氯離子濃度很高，會引起設備及管道的孔腐蝕、縫隙腐蝕、應力腐蝕，當濃度達到一定程度后會嚴重影響吸收塔的運行和使用壽命，還會抑制吸收塔內物理和化學反應過程，影響SO2吸收，降低脫硫效率;由于氯離子的存在會抑制吸收劑的溶解，所以脫硫吸收劑的消耗量隨氯化物濃度的增大而增大，同時石膏漿液中剩余的吸收劑增大，使吸收劑的脫硫效率降低，還會造成后續(xù)石膏脫水困難，導致成品石膏中含水量增大，影響石膏品質。
(4) 氟離子的影響與氯離子類似，但由于氟能與鈣生成氟化鈣而沉淀下來，所以在脫硫廢水中的含量相對較少。它除了對石膏品質有所影響外，對塔體、管道的腐蝕要比氯離子小得多，但氟離子與石灰石漿液中的Al易產(chǎn)生一種膠狀絮凝物，這種絮凝體會形成包膜覆蓋于石灰石顆粒表面，使石灰石的溶解受到阻礙，影響脫硫效率。
(5) 脫硫廢水中高濃度的硫酸鹽直接排放到環(huán)境水體中會擴散到沉積層，硫酸鹽還原菌將SO42-轉化為S2-，S2-會與水中的金屬元素發(fā)生反應，導致水中甲基汞的生成，造成水生植物必要的微量金屬元素缺失，改變水體原有的生態(tài)功能。
(6) 脫硫廢水中大量硒的排放會對土壤和水源造成污染，影響人和動物的健康，長期積累還會引起慢性中毒。